为保障整改工作顺利开展，《整改方案》明确了五个方面保障措施。
一是加强组织领导。切实加强党对督察整改工作的领导，全面建立省市县三级联动机制。
二是严格督导检查。加强日常调度和督促检查，对重点整改事项开展专项督导，确保整改工作落地见效。
三是严肃责任追究。针对中央环保督察组移交的7个生态环境损害责任追究问题进行认真调查，依法依规严肃处理。
四是加大环保投入。省市县各级财政统筹资金保障污染防治攻坚战三年行动计划各项任务落地，并优先用于环境保护督察“回头看”问题的整改，对于环境保护督察整改取得良好效果的，在环境保护财政资金分配上加大激励力度。
五是强化信息公开。对整改不力、问题突出的地区和单位，加大曝光力度，充分发挥公众和新闻媒体等社会力量的监督作用。
