随着龙岗河、观澜河、坪山河“三河”治污取得阶段性成果，茅洲河已逐步成为深圳河流治污的主战场。据介绍，茅洲河中上游干流综合治理工程计划投资19.3亿元，整治河道14.4公里，每公里耗资超过1亿元。
如今的茅洲河已经成为深圳污染最严重的河流，这条河的综合治理也被列入今年广东省环保厅、省监察厅重点挂牌督办的十大环保问题。据介绍，深圳计划投入19 .3亿元，治理河道14 .4公里，包括沿河截污、清淤、河岸生态化改造等。
记者了解到，茅洲河治污所需经费还不止于河道治理，污水处理厂配套的支干管网工程同样是笔巨额支出。据悉，目前仅已建沙井、燕川、光明污水处理厂的配套支管网缺口即达526公里，按每公里管网约500万元计算，需要投入26 .3亿元。
与此同时，支干管网不配套也是茅洲河治污的瓶颈性难题，由于没有管网收集污水，很多污水处理厂都不能物尽其用。以光明污水处理厂为例，该厂设计日污水处理能力达15万吨，平时只能处理污水约9万吨。目前，茅洲河流域内污水处理总量每日约45万吨，远小于污水产生量每日77万吨。
茅洲河全长46公里，流经石岩、公明、光明、松岗、沙井五个街道。其中光明新区段长约14公里，新区境内共有支流13支。根据新区环境监测站2013年6月至7月对茅洲河干流、支流部分点位的采样分析结果，劣于地表水V类标准。
