十八届三中全会提出，实行资源有偿使用制度和生态补偿制度，改革生态环境保护管理体制。近年来，从国家到地方各个层面都制定了一些涉及生态补偿的相关制度和措施，目前已探索建立了中央森林生态效益补偿基金制度、草原生态补偿制度、水资源和水土保持生态补偿机制、矿山环境治理和生态恢复责任制度、重点生态功能区转移支付制度等。但总体来说，生态补偿制度建设还比较薄弱。
截至目前，由于生态补偿机制极为复杂，各方面意见难以获得统一，导致由国家发改委牵头制定的《生态补偿条例》和《关于建立完善生态补偿机制的若干意见》迟迟未能出台。生态补偿机制还没有根本确立，谁开发谁保护、谁受益谁补偿的利益调节格局还没有真正形成，在促进生态环境保护方面的作用还没有充分发挥。
建立生态补偿制度，具有十分重要的意义。首先，这是建设美丽中国、实现人与自然和谐发展的要求。大力贯彻落实科学发展观，就是要在大力发展经济的同时，切实保护好自然生态环境，保护好人类生存繁衍的家园，形成经济发展与生态建设的有机统一，促进经济社会又好又快发展，同时保持人与自然的和谐相处。建立生态补偿制度，就是要把生态环境保护提升到国家具体管理的层面上来，确保资源的开发利用建立在生态系统的自我恢复能力可承受范围之内，实现可持续发展。
其次，建立生态补偿制度可以促进区域协调发展。实施生态补偿制度对维护社会公平、加强对生态功能区的扶持力度、统筹区域经济协调发展具有重要的意义。《全国主体功能区规划》规划了不同的功能区，并分别制定了相应的优化开发、重点开发、限制开发、禁止开发的政策。但由于生态补偿制度建设滞后，使得生态功能区的经济发展问题长期得不到有效解决，挫伤了民众在保护生态环境方面的积极性。
第三，建立生态补偿制度可以激励生态保护行为。生态补偿制度是通过一定的政策手段实现生态保护外部性的内部化，让生态保护成果的受益者支付相应的费用，实现对生态环境保护投资者的合理回报，增强生态产品的生产和供给能力，激励人们从事生态环境保护投资并使生态环境资本增值，逐渐实现环境保护行为的自觉、自愿、自利。
现阶段如何完善生态补偿制度？笔者有如下建议：
实现生态补偿法制化。加快出台生态补偿政策法规，在顶层制度层面逐步形成完整的生态补偿条例和实施细则。由于生态补偿涉及不同的利益关系及责任关系，单靠过渡性的政策措施和行政手段来推进很难形成长效机制。因此在法律层面必须明确生态补偿的重要性，明确生态补偿责任和义务，为生态补偿机制的规范运作提供法律依据。通过法律制度规范人们的经济行为，降低交易成本，减少交易摩擦，实现资源的合理配置和有效利用。
实现生态补偿标准化。生态环境受损后的影响是多方面的，影响的利益主体是多元的。因此，补偿标准应按社会、经济、生态分类，逐步发展成为一个系统的指标体系。一是根据各领域、不同类型地区的特点，完善测算方法，分别制定生态补偿标准，逐步形成标准体系。二是尽快制定和完善监测评估指标体系。综合运用效果评价法、收益损益法、随机评估法等方法，开展生态补偿研究，逐步建立资源环境价值评价体系，健全重点生态功能区、跨省流域断面水量水质国家重点监控点位和自动监测网络，制定和完善监测评估指标体系，及时提供动态监测评估信息。三是建立生态文明考核评价体系。要把资源消耗、环境损害、生态效益纳入经济社会发展评价体系，建立体现生态文明要求的目标体系、考核办法、奖惩机制。通过生态文明考核评价制度，激发各级政府部门、广大干部的工作积极性、主动性和创造性，促进节能减排、环境保护和生态建设，使之成为建立生态补偿制度的重要导向。
实现生态补偿动态化。生态环境一旦遭到破坏，需要几倍的时间乃至几代人的努力才能恢复，甚至永远不能复原。人类为恢复和改善已经恶化的环境，必须做长期不懈的努力，其任务是十分艰巨的。因此，生态补偿制度应该是动态化的，能够反映生态修复成本的变化，反映生态环境损害叠加累积的效应，反映人们对生态文明建设成果的更高需求，以与时俱进的生态补偿保障经济社会可持续发展，实现人与自然和谐相处。
实现多元化补偿方式。补偿方式多样化是生态补偿顺利进行的重要手段，可以增强补偿的适应性和灵活性，加强生态补偿的针对性，有利于生态补偿在不同区域顺利开展。现行的补偿模式以政府财政转移支付为主，辅以一次性补偿、对口支援、专项资金资助和税赋减免等。应充分应用经济手段和法律手段，探索多元化生态补偿方式。搭建协商平台，完善支持政策，引导和鼓励开发地区、受益地区与生态保护地区、流域上游与下游通过自愿协商建立横向补偿关系，采取资金补助、对口协作、产业转移、人才培训、共建园区等方式实施横向生态补偿。积极运用碳汇交易、排污权交易、水权交易、生态产品服务标志等补偿方式，探索市场化补偿模式，拓宽资金渠道。
实现生态补偿管理规范化。构建生态补偿制度，必须建立统一的管理机构，实行统一的管理办法。一是坚持统一的补偿原则。生态补偿必须坚持谁受益、谁补偿的基本原则，做到环境开发者要为其开发、利用资源环境的行为支付费用；环境损害者要对其造成的生态破坏和环境损失做出赔偿；环境受益者有责任和义务向提供优良生态环境的地区和人们进行补偿。二是建立统一的管理机构，加强对跨地区、跨流域经济区以及产业间环境问题的监督管理，协调不同功能区之间的补偿。三是实行统一的监督办法。建立生态补偿金使用绩效考核评估制度，严格考核各财政专项补偿资金的使用绩效，更好地发挥财政生态补偿金的激励和引导作用。
