跨省环境污染主要是指跨越省级行政区域的环境污染。吴春梅介绍，目前，跨界水污染主要超标因子是氨氮与总磷，主要是化工、有色金属、石化、纺织等行业和农村面源污染引发。“跨省污染发生以后，所形成的法律上权利义务关系相应复杂，既存在污染者和受害者之间的民事关系，也存在两地政府及环保主管部门与污染者之间的行政监管关系，大大增加了协调治理污染的难度。”吴春梅解释说。
吴春梅委员建议，将跨界水污染防治成效作为重要指标，纳入地方政府的考核体系，以鼓励和推动地方政府在跨界污染防治上的切实合作。“政绩考核范围和指向不能仅限于单个行政区，还应考虑对周围行政区的贡献和损失，以此形成‘一损俱损，一荣共荣’的利益相关发展价值取向，确保地方政府官员持续关注跨界水污染治理。”吴春梅表示。
她在提案中还提出，要完善流域生态补偿机制、建立联防联控机制和跨界水污染赔偿机制。对于如何完善流域生态补偿机制，她建议由流域内下游及直接受益的相关地方政府，通过省际间横向转移支付或省内、市际间的横向转移支付方式，建立区域生态补偿专项基金，用于补偿上游政府的区域水资源使用权、生态林业用地使用权、限制传统工业发展权益等方面的损失以及生态工程管护、自然保护区管护等费用。同时，探索建立生态补偿基金营运机制。“补偿基金的营运包括补偿基金的筹集、转移支付方式、基金的使用等内容。补偿基金的确定，可根据当地人口、GDP总值、财政规模等因素综合确定一个拨付比例，并保证补偿基金能够不断按照这一比例得到及时补充。”
在联防联控方面，吴春梅委员建立跨界水质联合监测机制和环保信息互通机制、开展水环境保护联合执法等。对于跨界水污染的赔偿，吴春梅提出，“上游区域在经济发展过程中对下游区域造成污染，致使下游区域饮用水、农作物、土壤受污染的，应当由上游地区政府或排污企业承担经济赔偿的责任。”
