办法指出，赤水河流域内各“河长”，即以上地区政府主要负责人。赤水河流域内各“河长”对本行政辖区内河流水环境质量负责，按照行政辖区分别考核河流水环境监测断面水质。每个行政辖区的河流出境断面水体中的化学需氧量、氨氮、总磷、铁、锰等主要污染指标浓度不得高于河流入境断面浓度；只有河流出境断面的，主要污染指标浓度不得超过该河流规定的水质类别。
办法明确了考核奖惩机制。一是每年从省级环境保护专项资金中安排1000万元作为赤水河流域环境保护河长制奖励资金。年度所有河流考核断面水质监测结果达到规定水质类别要求的，对“河长”所在地政府给予奖励，达不到要求的不予奖励。奖励资金由当地政府统筹用于赤水河流域水污染防治设施建设以及生态环境保护。二是对年度有一个及以上河流考核断面水质监测结果达不到规定水质类别要求的，暂停审批相关县(市、区)新(改、扩)建项目环境影响评价文件。从暂停审批新(改、扩)建项目环境影响评价文件之日起，连续三个月河流考核断面水质监测结果达到规定水质类别要求的，解除项目环境影响评价文件审批限制。三是对河流考核断面水环境质量严重下滑的“河长”，要按照有关规定进行问责。具体办法由省环境保护厅会同省监察厅另行制定。
据悉，每年3月底前，省环境保护厅组织对上年度各“河长”所在辖区河流考核断面水质进行考核，并及时将考核结果通报省财政厅、省监察厅。
