南京市主城区已投入运营的污水处理厂有五座，分别是城东污水处理厂一、二期、城北污水处理厂、城南污水处理厂一期、江心洲污水处理厂和仙林污水处理厂一期，总污水处理能力121.5万吨，而桥北污水处理厂一期、铁北污水处理系统一期以及城北污水收集完善等工程正在加紧推进，建成后可增加污水处理能力15万吨/日。
今年8月，城东污水处理厂三期工程将建成并投入使用，届时城东污水处理厂的污水处理能力将由现在的20万吨/天提升至35万吨/天。根据规划，今年南京市还将启动仙林、城南等四大污水处理厂二期工程的建设，至2015年，主城污水处理率将达到100%。
