经过长期努力，云南大理洱海保护治理取得显著成效。2006年迄今，洱海水质总体稳定保持在三类，有49个月达到二类。接下来，大理计划用3年时间，投入30亿元，着力实施“两百个村两污治理、三万亩湿地建设、亿方清水入湖”三大类重点工程。
目前，洱海已成为全国城市近郊保护得最好的湖泊之一，洱海流域的良好生态环境，成为大理州推进生态文明建设、加快经济社会发展的重要支撑。
上世纪80年代以来，洱海流域人口不断增长，造纸、化肥等企业开始兴盛，网箱养鱼和机动船迅猛发展，使洱海水污染日益严重。1996年和2003年，洱海两次大面积暴发蓝藻，水环境与生态功能遭受巨大威胁。特别是2003年3季度，洱海水质急剧恶化，透明度不足1米，降至历史最低，局部区域水质下降到了地表水四类标准。
近年来，特别是2012年云南省九大高原湖泊水污染综合防治领导小组会议暨洱海保护工作会议以来，大理州把洱海保护治理放在重中之重的位置，在国家和云南省的支持下，科学规划、综合治理，明确责任、常抓不懈，全民参与、立法保护，先后实施了“双取消”(取消网箱养鱼、取消机动渔船)、“三退三还”(退塘还湖、退耕还林、退房还湿地)、“三禁”(禁磷、禁白、禁牧)、“六大工程”(环洱海生态恢复建设工程、污水处理及截污工程、面源污染治理工程、入湖河道和村落垃圾处理综合整治工程、流域水土保持工程、流域环境管理工程)、“百村”环境卫生综合整治、洱源生态文明试点县建设等一系列举措，洱海保护治理取得了显著成绩。
同时，在经济社会快速发展的背景下，洱海水环境承载能力面临巨大挑战，目前洱海仍然处于富营养化初期和关键转型期，保护治理面临重要拐点。
洱海流域辖16个乡镇、167个行政村，流域总人口83.74万人。在推进洱海保护治理进程中，农村农业面源污染治理一直是控源减污中最大的难点。经过多年的探索实践，大理州以调整农业种植结构、治理畜禽养殖污染、实施农村环境综合整治、推进城乡生活垃圾一体化管理等重点项目为支撑，撬动洱海全流域农村农业面源污染治理全局。
当前，大理市正在探索农业面源污染防控新模式，采用测土配方平衡施肥、增施有机肥、绿色植保防控等技术，力争使6万亩绿色食品基地建设区域内氮肥、磷肥、农药使用量减少15%以上，有效减少农田富余氮、磷流入洱海。
截至目前，洱海流域已完成1300亩蓝莓及2.25万亩花卉种植，认证无公害农产品基地10万亩，实施1万亩农田有机肥替代化肥的试点。年处理生活垃圾21.9万吨的垃圾焚烧发电厂、年处理畜禽粪便80万吨的顺丰有机肥加工厂正常运行。
长期以来，资金投入严重不足成为洱海保护治理最大瓶颈。面对困难。“十二五”以来，大理州围绕云南省政府批准的洱海流域水污染综合防治“十二五”规划，认真实施流域污染源系统控制、入湖河流水污染治理与清水产流机制修复、湖泊水体生境改善、流域环境管理与生态文明建设四大类20项工程49项子项目，不断加大洱海保护治理的资金投入，坚持“政府主导、社会参与、市场化运作”的原则，积极向上争取资金，充分挖掘可用财力，创新投融资机制，提高资金保障能力。
大理州从2014年起，每年州级财政安排1亿元，大理市安排两亿元，洱源县安排3000万元专项用于洱海流域保护治理。随着资金投入加大，洱海保护治理各项工程不断提速。截至目前，洱海流域水污染综合防治49个规划项目中，已完成工程建设16项，其余33项正在抓紧推进，累计完成规划投资23.40亿元，投资完成率59.68%;累计到位资金21.24亿元，资金到位率54.17%。
根据洱海流域保护治理的需要，在规划项目以外，大理州又投入资金6.39亿元，实施了海东片区污水管网建设、水资源综合调剂利用水库建设和统筹供水等37个项目。特别是在云南省的大力支持下，大理州全面启动了以“2333”行动计划为重点的洱海保护治理工作，把实现洱海Ⅱ类水质作为目标，计划用3年时间，投入30亿元，着力实施“两百个村两污治理、三万亩湿地建设、亿方清水入湖”三大类重点工程。
