在20世纪50年代和60年代，日本将工业现代化和提高国民收入的发展目标置于环境和公众健康之上，那时日本的许多城市都非常脏乱。炼油业、钢铁业和石化工业造成大量的污染，这些是二战后迅速工业化的结果。
在20世纪70年代，日本遭受2次石油危机，人们逐渐认识到，经济增长需要与节能和环境保护达成平衡。在1970年，日本通过了14个污染防治方面的法律，这些法律被称为“防治污染的套餐”。这些法律的目标是要使日本更加清洁，但是，有些法律条文不明确、不完整，有的甚至缺少环境影响评价标准。
日本20世纪70年出台的污水处理方面的法律法规，在改善水质方面发挥了重要作用。
日本的环境标准是建立在1967年《环境污染治理基本法》基础之上的。1971年，日本环保局成立，环保局将污染防治放在首要位置，此后，日本的环境保护工作才逐渐步入正轨。在2001年日本政府机构重组的时候，日本的环保局升格为环保部。
2011年3月发生的东日本大地震和随后的海啸，破坏了至少27万个建筑物，灾害留下了大量的瓦砾和碎片，包括烧毁的船只和汽车等，还有那些被冲上岸边的残片，大约有超过24万吨的污染物。日本政府迅速采取措施，收集和处置灾后遗留的废物，受影响的城镇和村庄需要向政府交纳一定的费用，这些费用弥补了政府在污水、污物清理过程中的开支。政府还一直对环境进行监测，测量水和空气中放射性物质的含量，追踪东京福岛核电站泄漏的放射性物质。
日本的水污染
在日本，只有大约36%的居民住所的排污系统与下水道相连通，而英国居民住户的排污系统与下水道连通的比例则高达97%，法国为65%。
人们每天都会制造数百万吨的有机污染物进入周边水体，有研究表明，在发达国家的美国、日本和德国中，日本是向水体排放有机污染物最少的国家。
在20世纪60年代，日本的河流被污水、生活废水，以及其他污染物污染。在日本东京的一些河流中，河流流淌着受到严重污染的黑水，水的表面漂浮着白色的泡沫。在一些河流的周边地带，一些儿童患了骨骼疾病，导致他们的四肢变形。20世纪70年代，日本九州外的海湾被称为“死亡之海”，水体被严重污染，呈现出棕绿色。许多城市河流污染严重，大肠杆菌严重超标，人们不能够在水体中游泳，因为那样会有生病的危险。
存在于日本和韩国之间的海域正在逐渐“死去”。每年的捕鱼量都在不断减少。人们认为，其主要原因是过度捕捞，实际上，它与水体污染和海洋温度上升也有很大关系，而现在是一个全球气候变暖的时代。
鲑鱼重返日本的河流，似乎是环境改善的体现，然而，在这些鲑鱼的体内却发现了高水平的DDT，这是一种有剧毒的化学物质。DDT和其他一些有毒化学品在日本已经很长时间没有使用了，但是，南亚一些国家仍然在使用，这是日本受到的境外污染。
日本的水污染治理
与其他国家相比，日本的污水治理可谓独具特色，该国采用淡水贻贝来清理河流。贻贝是一种双壳纲的软体动物，一只成年贻贝每天能够清洗、过滤180升污水，这些贻贝通过消耗水中的硅藻和其他浮游生物来净化水源，这些硅藻和浮游生物以水中的氮和磷为食，而氮和磷是水体污染物的主要成分。虽然在一些很肮脏的河流，例如位于日本大阪市中心的河流，贻贝净化河水似乎并不能获得理想的结果——人们还不能在河里游泳，但是，人们却获得了另外的收获和惊喜——部分贻贝长出了珍珠。
2008年3月，经过40年之后，人们又可以在东京湾捕蛤了，蛤和贻贝一样，也是一种双壳纲的软体动物，具有较强的净水能力。因为水体污染等原因，东京湾的捕蛤业在1969年停业，捕蛤业的恢复表明，日本东京湾的水质得到了改善。
日本的圭河也是水污染治理的典范，这条河流流经日本广岛中部，很长的一段时间流淌着被污染的水源，污水散发着臭味。几年前，人们在这里使用了“渗透支柱”特殊技术净化河水，这是一种使用电厂的煤灰制作的碳体，能够吸引、分解水体中的有毒污染物，去除水体中不良的气味，净化水源。采用这种技术之后，圭河的水质得到了显著改善，许多水生生物，例如螃蟹和蛤蜊，也重新返回了水域。
